Instalaciones: R, RStudio y R Commander

Última modificación por admin el 2020/05/23 18:06

En esta sección detallamos la instalación de R y de dos de las interfaces gráficas de R (GUI, o Graphical User Interfaces) más conocidas: R Commander y RStudio. Las instrucciones por escrito están acompañadas de vídeos explicativos más detallados.

  1. Instalando R y primeros pasos
    1. Videos explicativos paso-a-paso con comentarios
      1. Paso 1: ¿Mi ordenador tiene un procesador de 32 o de 64 bits?
      2. Paso 2: Descargando R en Windows y en Mac
      3. Paso 3: Interactuando con R por primera vez
  2. RStudio: instalación y primeros pasos
  3. R Commander: instalación y primeros pasos (video)
    1. R Commander: problemas conocidos con la instalación
      1. Error cargando paquete sandwich
      2. Problemas con ejecutables y arquitecturas de 32 y 64 bits (´make sure R and Java have matching architectures´)
      3. Faltan algunas dependencias (por ejemplo: There is no package called ‘lme4’) o necesita una versión mas actualizada de un paquete determinado (por ejemplo: namespace ‘Matrix’ 1.2-2 is already loaded, but >= 1.2.3 is required)
      4. R Commander no sale en el idioma que necesito
      5. Los menús de Rcmdr no se me habilitan, no los puedo seleccionar
      6. Último recurso: instalación de la Virtual Machine
  4. R Commander (Rcmdr): instalación del plug-in FactomineR

Instalando R y primeros pasos

Los pasos a seguir para la instalación de R son:

    1. Descargar la última version de R para nuestro tipo de máquina y sistema operativo (Windows, Mac OS X y Linux) en The Comprehensive R Archive Network. La manera más cómoda de instalar R es utilizar la versión binaria (precompilada), que es una versión traducida por compiladores a código maquina para que sea posible ejecutarla en ordenadores con diferentes arquitecturas y sistemas operativos. R está diseñado para ser sumamente portable, es decir que pueda ejecutarse tanto en Microsoft Windows, Linux, Mac OS X, y en otros tantos sistemas operativos.

    2. Seguir los pasos de la instalación automática: los usuarios de Windows deberan descargar el setup program, un fichero que tiene un nombre como R-3.3.1.win.exe. Al hacer click sobre la descarga este fichero comenzará una instalación prácticamente automática del entorno R. La instalación se puede customizar, pero la instalación por defecto será válida para la mayoría de usos que podamos a darle a R. En Windows el setup program concluye por poner un icono en el escritorio desde el cual acceder a la interfaz de línea de comandos a R.

    Notas:

  • La última versión de R (3.3.1), por poner un ejemplo, tiene un tamaño de 74 Mb (160 Mb una vez descomprimido), hemos tardado en descargarlo unos 6 minutos con una conexión de banda ancha (tipo T1), pero una vez descargado la instalación sólo ha tardado 54 segundos!
  • para usuarios de Mac: es posible que una vez descargado el paquete de R no te permita instalarlo por haber sido descargado del Apple Store. En este caso, realizar los siguientes pasos:
    Símbolo de la manzana > Preferencias del sistema > Seguridad y privacidad > (abrir el símbolo del candado para permitir cambios y seleccionar ´Permitir aplicaciones descargadas de´ .... Mac App Store y desarrolladores identificados ..... (cerrar el candado)
  • para usuarios de Mac: si no está instalado aún, habrá que instalarse el X Window System (X11), un entorno de GUI (Graphical User Interface) para máquinas UNIX y Linux. El X11 para Mac se llama XQuartz y está disponible aquí:  https://www.xquartz.org/ .Pasos a seguir:
    *1. Descargar el fichero dmg para XQuartz.
    *1. Al hacer doble click aparecerá XQuartz.pkg; haz doble click para iniciar la instalación, haz click por defecto en las opciones.
    *1. Después de la instalación haz logout de la cuenta y vuelve a entrar.

Videos explicativos paso-a-paso con comentarios

Paso 1: ¿Mi ordenador tiene un procesador de 32 o de 64 bits?

Saber si tu ordenador es de 32 o de 64 bits es algo fundamental para el óptimo rendimiento de cualquier software que instalemos (R, Java, etc.). Es más, una incompatibilidad del software instalado con el procesador local suele dar muchos problemas. Para saber si tu PC con cualquier variante de Microsoft Windows instalada tiene un procesador de 32 o de 64 bits, aquí se encuentra una excelente explicación con vídeo incluido:

https://support.microsoft.com/es-es/kb/827218

Usuarios de Mac OS X:


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Paso 2: Descargando R en Windows y en Mac


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Paso 3: Interactuando con R por primera vez


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RStudio: instalación y primeros pasos

RStudio es un entorno de desarrollo de R (IDE o Integrated Development Environment), es decir, una cómoda interfaz donde se escribe y ejecuta código R, asi como se visualiza los resultados de las operaciones ejecutadas (incluidos gráficos). RStudio está disponible de forma gratuita y en modo open source para Microsoft Windows, Mac OS X y Linux enhttps://www.rstudio.com/. A continuación dejamos unos vídeos donde se explica la descarga de RStudio (Windows y Mac OS X) y los primeros pasos con RStudio:

Video: descargando RStudio


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R Commander: instalación y primeros pasos (video)

A continuación presentamos vídeos de la instalación de Rcmdr, tanto para Microsoft Windows como para Mac OS X.

En cuanto a documentación sobre Rcmdr, aparte del manual oficial de Rcmdr en CRAN (https://cran.r-project.org/web/packages/Rcmdr/Rcmdr.pdf), también está disponible en soporte físico en la biblioteca de la UOC (dándole arriba en "préstec"/"préstamo") R Commander. Gestión y análisis de datos / Paula Elosua Oliden, Juan Etxeberria Murgiondo: http://cataleg.uoc.edu/search~S1*cat?/X%28r-commander%29&SORT=D/X%28r-commander%29&SORT=D&SUBKEY=%28r-commander%29/1%2C2%2C2%2CB/frameset&FF=X%28r-commander%29&SORT=D&2%2C2%2C


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Video de instalación de Rcmdr en Mac OS X:


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R Commander: problemas conocidos con la instalación

Error cargando paquete sandwich

Esto puede salir independientemente de la versión de R:

 
> library(Rcmdr)

Loading required package: splines

Loading required package: RcmdrMisc

Loading required package: car

Loading required package: sandwich

Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
  namespace lattice 0.20-15 is already loaded, but >= 0.20.27 is required

Además: Mensajes de aviso perdidos

1: package Rcmdr was built under R version 3.0.2

2: package RcmdrMisc was built under R version 3.0.2

3: package car was built under R version 3.0.2

4: package sandwich was built under R version 3.0.2

Error: package sandwich could not be loaded

El problema de la carga del paquete sandwich está en que la versión del paquete lattice debe ser la 0.20.27. Es posible que una nueva instalación del paqute lattice instale una versión posterior a la 0.20.27. La solución que proponemos es la siguiente:

> unloadNamespace("lattice")
  
> update.packages("lattice")

> require(lattice)

Problemas con ejecutables y arquitecturas de 32 y 64 bits (´make sure R and Java have matching architectures´)

Versión del Rcmdr 2.1-7


Mensajes de aviso perdidos

1: package Rcmdr was built under R version 3.1.3

2: package RcmdrMisc was built under R version 3.1.3

3: package car was built under R version 3.1.3

Aviso: package 'XLConnect' was built under R version 3.1.3

Loading required package: XLConnectJars

Aviso: package 'XLConnectJars' was built under R version 3.1.3

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:

  call: fun(libname, pkgname)

  error: No CurrentVersion entry in Software/JavaSoft registry! Try re-installing Java and make sure R and Java have matching architectures.

Ésto suele darse por 2 razones:

    (a) Por no tener Java instalado, en cuyo caso hay que instalarlo (http://www.java.com/en/download/). La versión de Java tiene que ser consistente con la versión de R en la misma maquina (32 o 64 bits). Si usas Microsoft Windows el Java de 64 bits lo puedes encontrar aquí:

http://javadl.oracle.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=116030

    (b) También suele darse cuando elegimos la versión de 64 bits de R por alguna incompatiblidad con Java. Revisar si se tiene instalada la versión de 32 bits, iniciar R con esa versión e intentarlo de nuevo:

            Si usas Rbase, normalmente en Inicio > programas > R  debería haber una versión que diga algo así como R i386 3.2.3.  

            Si usas Rstudio has de seguir el menú: Tools > Global Options > R version   (escoger la de 32 bits)

Faltan algunas dependencias (por ejemplo: There is no package called ‘lme4’) o necesita una versión mas actualizada de un paquete determinado (por ejemplo: namespace ‘Matrix’ 1.2-2 is already loaded, but >= 1.2.3 is required)

Para cualquier paquete que avise que falta, o que necesita una versión mas moderna que la que ya está instalada, ejecutar el código siguiente sustituyendo lme4 por el nombre del paquete adecuado:

> install.packages('lme4', dependencies = TRUE,repos='http://cran.us.r-project.org')

Nota: estos errores suelen saltar uno a uno, así que si tenemos este tipo de problemas es probable que no sea sólo uno y que tengamos que usar el comando anterior varias veces para actualizar diferentes paquetes.

R Commander no sale en el idioma que necesito

Ésto se arregla muy fácilmente desde la consola de R. Al abrir R tenemos que indicarle que idioma queremos y luego cargar R Commander igual que siempre. Por ejemplo para que Rcmdr nos hable en catalán:

> Sys.setenv(LANGUAGE="ca")

> library("Rcmdr")

Y aquí las instrucciones para los otros idiomas:

Sys.setenv(LANGUAGE="es") para castellano
Sys.setenv(LANGUAGE="en") para inglés

Los menús de Rcmdr no se me habilitan, no los puedo seleccionar

Esto siempre es o porque aún no has cargado ningún dato, o porque si has cargado datos estos no son los apropiados para una determinada función. Es decir,  si por ejemplo quieres hacer un t-test y sólo tienes una distribución, pues ahí como no se puede hacer ningún t-test no estará habilitada la opción del t-test y no se podrá seleccionar.

Otro error muy común es equivocar el separador decimal si estamos cargando números que poseen decimales, y si eso pasa, R va a considerar que los números que se han cargado son en realidad "letras" y por esa razón no les habilitaría ningún menú que tenga que ver con cálculos. Cuando carguen los datos pueden verificar en el botón de visualizar si los mismos fueron cargados, si allí ven datos y no les habilita los menús es posible que se deba a esto mismo.

Último recurso: instalación de la Virtual Machine

Para las situaciones excepcionales en que nada de lo anterior haya funcionado y la PEC/PAC nos esté pisando los talones, también tenemos una Virtual Machine (VM) que se puede descargar e instalar fácilmente. Una VM es un software que simula una computadora, en este caso particular una que funciona con el sistema operativo Ubuntu (Linux), pero con la ventaja especial de que ya tiene instalado R, R Commander y RStudio. Por lo tanto, es posible descargar esta VM, instalarla de forma local y trabajar con R, R Commander y RStudio. Las únicas desventajas que tienen las VM es que ocupan normalmente un espacio considerable de disco duro, y también que ralentizan un poco el funcionamiento de la máquina. Por lo tanto, sólo recomendamos la instalación de la VM cuando todo lo demás se ha probado sin éxito. Descargar la VM aqui.

Video: instalación de la VM y primeros pasos:


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También y para usuarios de Microsoft Windows existe una versión de R que ya viene con Rcmdr instalado (gentileza de la Universidad de Cádiz): http://knuth.uca.es/R/R-UCA

R Commander (Rcmdr): instalación del plug-in FactomineR

FactomineR es una librería para el análisis exploratorio multivariante que incluye potentes métodos de reducción de la dimensión, y se puede usar desde la consola o vinculándola a Rcmdr mediante un plug-in como se detalla en este video (gracias al profesor Erik Rodríguez Pacheco). Toda la documentación del FactomineR se encuentra aquí: https://cran.r-project.org/web/packages/FactoMineR/FactoMineR.pdf


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Creado por admin el 2016/07/04 01:43